目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手,他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶,而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相,原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈,当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后,服刑期满的村上丈出狱,开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后,毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中,各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑。100分影院,新元文明,二百五十三年,犯罪率升高是否与“零度共情者”相关,正成为这个社会越来越让人瞩目的话题。一起送货员被谋杀案牵扯出了一个犯罪团伙,而真凶被确定为最能引起社会讨论的“零度共情者”,案子虽然顺利结束了,但负责该起案件的特调组探员骆为昭却意识到一切并没有表面看起来这么简单。之后人口失踪案、富豪车祸案、走失大学生遇害案,一个个“零度共情者”被推到公众面前,骆为昭(付辛博饰)意识到除了这些被推出来的凶手外,实习探员裴溯(张新成饰)似乎也牵扯其中,几起案件背后还另有其人在穿针引线。最后这些犯罪势力被一网打尽,公众也意识到基因决定不了一个人的优劣、善恶,人可以战胜基因,人可以自由选择,只要心存希望之光,哪怕身处幽暗深渊,也终有一天会回到阳光之下。